Sau khi tốt nghiệp Đại học Y khoa Shimane (nay là Khoa Y của Đại học Shimane) vào năm 1997, Iwata trở thành bác sĩ nội trú làm việc tại Bệnh viện Chubu tỉnh Okinawa (ja).[3][4] Trong năm tiếp theo, ông trở thành một bác sĩ nội trú làm việc tại Bệnh viện St. Luke's Roosevelt của Đại học Columbia.[3][4]

Iwata bắt đầu sự nghiệp với tư cách là bác sĩ nội khoa tại bệnh viện đa khoa Mount Sinai Beth Israel vào năm 2001.[4] Năm 2004, ông trở về Nhật Bản và được Trung tâm Y tế Kameda (ja) tuyển dụng, ông được bổ nhiệm làm Trưởng khoa Truyền nhiễm, người đứng đầu các Bệnh Truyền nhiễm Y tế Hỗn hợp.[3][4] Từ năm 2008, ông là Giáo sư Trưởng khoa Lâm sàng của Đại học Kobe.[1][3][4]